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三界出世以來，其三千大世界億萬小世界一直各自相安，但隨著混沌界域神王(飾)渴望成為三界霸主的野心日益變強(qiáng)，神魔大戰(zhàn)蔓延，各個(gè)界域陷入一片戰(zhàn)火之中，生靈涂炭。最終女媧聯(lián)合眾神耗盡功力得以成功將神王封印與虛空。為防千年后神王復(fù)蘇，女媧受命赤明界域尉遲氏與鳳氏兩族合力看守封印并留下一顆種子應(yīng)對(duì)未來的危機(jī)。神王被封印，但其爪牙卻沒有停止動(dòng)作，隨著時(shí)間的推移，他們始終在尋找著破解封印的方法，并試圖找到女媧留下的種子，以待神王的回歸，赤明界域也由此引來一片腥風(fēng)血雨。
萬物復(fù)蘇，神州大地一片安詳和平。黑白學(xué)宮里，余薇在比試中打敗同門獲得了勝利，但師尊殿才道人(張雙利  飾)卻覺得余薇有些太過于沉溺于練功。師尊將特招令交給余薇，他要她下山去將特招的學(xué)生接回來。余薇十分期待與這名特招生的見面，她立刻騎著神鳥鳥下山去了。
草原上，紀(jì)寧(劉愷威  飾)和紀(jì)農(nóng)(陳亦飛  飾)帶著人手埋伏在草叢里，他們要捉住兇狠的翼蛇。余薇此刻已經(jīng)趕到了紀(jì)氏族中，她向族長要求見紀(jì)寧。族長說紀(jì)寧此刻不在族中，余薇只好留下來等他回來。
紀(jì)氏部落的禁地里，紀(jì)寧和紀(jì)農(nóng)配合利用翼蛇的弱點(diǎn)以水克火打傷了它，就在翼蛇想要逃走的時(shí)候，紀(jì)寧和紀(jì)農(nóng)卻發(fā)現(xiàn)了擅自闖入的雪龍山少主陳進(jìn)。陳進(jìn)是來禁地里尋找元石礦脈的，他見到紀(jì)寧和紀(jì)農(nóng)后仍然十分囂張。紀(jì)寧、紀(jì)農(nóng)與陳進(jìn)打了起來，一番搏斗之后，陳進(jìn)的手下盡數(shù)滅亡。這時(shí)一處巖石破滅飛出了許多烏鴉，趁著紀(jì)寧紀(jì)農(nóng)對(duì)付烏鴉的時(shí)候，陳進(jìn)跑進(jìn)了炸開的巖石里。等到紀(jì)寧和紀(jì)農(nóng)發(fā)現(xiàn)之后，他們趕緊追了上去。
部落里，族長得知兩位少主被雪龍山少主困在元石礦脈里，他立刻下令派人去找尋找紀(jì)寧和紀(jì)農(nóng)。見此情況余薇主動(dòng)提出幫忙，她可以騎神鳥去救人。
元石洞中，陳進(jìn)發(fā)現(xiàn)億年元石之后不肯離開，紀(jì)寧和紀(jì)農(nóng)就跟他再次打了起來。他們?nèi)私皇值臅r(shí)候，元石礦脈的某一處缺口卻發(fā)出了詭異的紅光。不過一會(huì)兒紅光就射出來將三人擊倒在地，他們都暈了過去。陳進(jìn)的師傅趁機(jī)走進(jìn)來將元石占為己有，而余薇也帶著紀(jì)農(nóng)的夫人走了進(jìn)來。紀(jì)寧在恍惚中看到了余薇，紀(jì)農(nóng)的夫人就讓余薇幫忙把紀(jì)寧和紀(jì)農(nóng)一起帶走了。等到他們走后，陳進(jìn)的師傅卻出手殺了陳進(jìn)，他要把元石獻(xiàn)給神王。
陳進(jìn)的師傅將陳進(jìn)的死栽贓給紀(jì)寧，雪龍山的人就跑去紀(jì)氏部落要求交出紀(jì)寧。另一邊，陳進(jìn)的師傅找到門主獻(xiàn)上元石，他還猜出種子就在紀(jì)氏部落中。
紀(jì)氏部落的族長質(zhì)問紀(jì)寧是否殺了陳進(jìn)，紀(jì)寧連忙解釋那不是他做的。一旁的余薇也幫忙作證，他們離開的時(shí)候陳進(jìn)還有脈搏。族長派人去雪龍山向雪玉真人解釋此事，他還把紀(jì)寧和紀(jì)農(nóng)禁足作為懲罰。
門主冬七將元石交給被封印的神王，他趁機(jī)要求神王營救沉睡的南筠。神王早就答應(yīng)幫忙救南筠，但他卻說只有解除封印才能有能力喚醒她，所以他要冬七盡快找到種子并鑄造出無形之劍破開封印。
余薇將特招令交給紀(jì)寧，但紀(jì)寧卻以紀(jì)氏部落的內(nèi)憂外患拒絕前往黑白學(xué)宮。余薇只想著完成師尊交代的任務(wù)，她就說就算是綁也要把紀(jì)寧帶去黑白學(xué)宮。紀(jì)寧為了拖延時(shí)間就說他要先解決部落的事，余薇卻在此事看到了系在紀(jì)寧脖子上的日月石。
紀(jì)氏部落即將與雪龍石開戰(zhàn)，族長夫人擔(dān)心紀(jì)寧會(huì)遭遇不測就去找族長商量。族長也擔(dān)心紀(jì)寧和紀(jì)農(nóng)在戰(zhàn)爭中受傷，他已經(jīng)下定決心不讓他們兄弟二人參戰(zhàn)。夫人是尉遲族的后人，當(dāng)年大戰(zhàn)尉遲族慘遭滅族，她的侄女尉遲惜月(飾)失蹤，所以紀(jì)寧就是尉遲族最后的后人。
開戰(zhàn)前夕，族長要紀(jì)寧和紀(jì)農(nóng)留在后方保存實(shí)力，若是他們?nèi)珨?shù)犧牲還能留有血脈在世上。另一邊，冬七一門心思撲在喚醒南筠中，而昏睡的南筠竟然和余薇長得一模一樣。
雪龍山攻打紀(jì)氏部落，他們不聽解釋要族長交出紀(jì)寧。
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